在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研发最终

1、从光敏培养教育神经元中导入DNA热塑蛋白质

从而隔离光交连球蛋清-DNApp物应于LC-MS解析，诗人发掘了种退行纯化预案，可从DNA中去必须交连球蛋清，仅在强光照时利用马上基因组组触碰含有DNA交连球蛋清。用TRIZOL领取染色法质并除掉被抓获的非交连球蛋清，第二将其全新容解以做好RNase消化不好吸收。利用彩超分割所述球蛋清交连DNA的领取物，在硫氰酸胍中高温退行，并在二防氧化硅离心分离柱上强烈洗涤剂以去必须交连球蛋清终将成功完成。利用核酸酶解决从DNA中降低光交连球蛋清，并做好胰球蛋清酶消化不好吸收应于LC-MS解析。该的方式重命名为球蛋清交连DNA领取或XDNAX。

图1.核氨基酸交连DNA抽取或XDNAX方法图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便接触性DNA的蛋白酶质图谱

将光化学交联措施运用于MCF7人体细胞膜，感觉了1,805种得票率核蛋清，这当中1,191种长期存在于3个或大多次反复中。60%的DNA相护功能组含带核酸配合的GO注脚，在或缺核酸配合注脚的核蛋清质中，很大的影响来于核纤层核蛋清，其二是陆续参与固色质机构和人体细胞膜裂开的核蛋清质（图2）。

图2 . 可直观触及 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳总结了DNA互不做用组所潜在的血清质-DNA程序界面非常包含了的核苷酸交连肽。这涵盖原因（1）球状DNA综合格局域、（2）DNA 综合无序性区（IDR）和（3）原因与其余血清质（比如组血清综合血清）、RNA（比如剪接细胞因子）或相分割区室（比如核仁血清）互不做用而使得的坏境比较敏感。

图3 . 可真接触碰 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测内部扰动哺乳期间与DNA通过的转录细胞因子

雌刺缴素类感觉α（ESR1）驻待在胞质溶胶中，终究会碰见其配体，闪避易位到上皮体人体细胞结构，在那儿它与DNA组中的某个领域融入以系统激活某个的转录过程。将血清饥饿的MCF7上皮体人体细胞表露于高含量雌刺缴素类（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与虚拟处置的剖析上皮体人体细胞比效这些的DNA上下级影响组（图4A）。之中，雌刺缴素类多种多样后DNA上下级影响组中的ESR1添加了30倍（图4B）。总的的说，在1,814个参考值的核核苷酸-DNA上下级影响中，约有9%凸显出突破2倍的偏态变化规律，并仔细观察到与ESR1存在上下级影响的核血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素办理乳线肿瘤细胞膜 DNA 互相反应组的参考值相当（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

学习来到表观遗传组的胆固醇质以介绍它是该怎样被写入并付诸实践内容的，不停是科研课题工作员一两个常年的要求。表观遗传组可及性最主要的以DNA为公司的视角确定学习，可是，到目前即可即可，着色质疑胶中的的胆固醇质与DNA 再次发生热学双方间影响尚不弄清楚。便用零间隔光热塑，可找到DNA双方间影响组中的绝大部分数胆固醇质，XDNAX能力将是 胆固醇质-DNA双方间影响学习的强设备。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、淡化组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

关联性文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.